Toate cele trei domnii ale lui Petru Şchiopul (1574-1577, 1578-1579, 1582-1591) au fost, fiecare în parte, de scurtă durată, tulburate de pretendenţi de tot neamul (Nicoară Potcoavă, fratele acestuia - Alexandru şi alţii), întrerupte de Iancu Sasu (1579-1582). Chiar să fi fost înzestrat cu mari calităţi, P.Şchiopul în repetatele scurtele şi întreruptele sale domnii nu putea să facă cine ştie ce treabă. Singurul domeniu în care dînsul a înregistrat succese remarcabile a fost împovărarea cu noi dări a supuşilor faţă de care era, cică, milostiv. Revoltaţi de atîta „milostivire pentru săraci”, a izbucnit Răscoala ţăranilor din Moldova din 1591. Aşadar, „Moldovenii nu numai că se împotrivesc înscăunării lui Petru, dar împreună cu cazacii zaporojeni izgonesc de cîteva ori din scaun această creatură boierească, ce împovărase ţara cu biruri şi plata haraciului dublu”. Indiferent de calităţile de domnitor, de politician departe de a fi ideale ale lui Petru Şchiopul, societatea moldovenească din acea perioadă se adapta, fie şi anevoios, la necesităţile de administrare ale timpului. În ultimul an de domnie (1591) în Moldova începe să se aplice Legea agrară, inclusă mai tîrziu (1646) în Pravila lui Vaslie Lupu (partea I). La porunca domnitorului s-a întocmit Catastiful birnicilor împărtiţi pe categorii fiscale, cel mai vechi izvor statistic, demografic şi fiscal din Moldova - Catastiful lui Petru Şchiopul. Fiind o cerinţă a timpului şi o necesitate imperioasă a societăţii moldoveneşti, pe timpul primei domnii a lui Petru Şchiopul limba moldovenească este introdusă oficial şi se foloseşte în Cancelaria Domnească a Moldovei. De altfel în biblioteca domnitorului se aflau şi cărţi „traduse în limba moldovenească”. Între cele trei înscăunări ale lui P. Şchiopul au mai domnit nu numai Nicoară Potcoavă, dar şi Iancu Sasu „de naşterea sa sas, de lege luteran. Pravoslavia nu-i pria. Dacă au venit în ţară, toată nedumnezeirea şi ereticia sa şi-au arătat, că lăcomie pentru avuţie nespusă avea, pentru care pe mulţi au omorît”.

Aron Tiranul (1591-1592,1592-1595) ocupă tronul Moldovei plătind Porţii „o sumă nemaipomenită, peste 400.000 de galbeni, ceea ce l-a făcut ca pentru plata datoriilor să înspăimînte ţara cu jafurile, birurile şi omorurile la care a recurs”.

În 1595 vreo patru luni domneşte în Moldova Ştefan Răzvan, înscăunat de Sigizmund Bathory, principele Transilvaniei, fapt ce a stîrnit nemulţumirea Poloniei, care socotea că Moldova intră în sfera ei de interese. Polonii pătrund în Moldova (august 1595), aducînd pe Ieremia Movilă.

Înscăunîndu-se, Ieremia Movilă (1595-1600, 1600-1606) proclamă Moldova „membru credincios şi inseparabil” al Coroanei polone. Aceste detronări-întronări au reaprins rivalitatea între Ungaria şi Polonia, ambele urmărind cu îngrijorare campaniile cuceritoare ale ui Mihai Viteazul, vasal al Porţii Otomane, care „luînd Ardealul cu sabia”, „gîndea să ocupe Moldova încă din 1597”.

„Lui Mihai vodă (Viteazul) de la Rodolf (împăratul austriac)... îi aduseră veste cum că să se lase Mihai Vodă de toată Ţara Ardealului... şi să se întoarcă în ţară-şi să-şi ţie Ţara Muntenească ... Iar Mihai Vodă nu-şi mai aduse aminte de cea de apoi (de mintea cea de pe urmă) ci-şi înălţa Mihai Vodă sfatul şi mintea de om neînţelept... Mihai Vodă se ridică împotriva Ieremiei Vodă cu oşti mari, la mai 6 dni. Şi intră Mihai Vodă cu oşti în Moldova”. (Letopiseţul cantacuzinesc, 1690). „Mihai Vodă găti pe Marco Vodă şi-l trimise în Moldova să fie domn ... Şi deaca sosiră în Iaşi, începură a se veseli. Iar oştile Ieremiei Vodă au fost viind în Moldova. Deci cu cîtă bucurie merseră (trimişii lui Mihai) cu atîta ruşine fugiră...” Aceasta a fost toată domnia lui Mihai Vodă în Moldova, adică a lui Marco „Vodă”. Căci de acum în noiembrie moldovanul Simion Movilă urcă în tronul Valahiei şi domneşte acolo 2 ani (cu întrerupere). Drept scria Miron Costin: „Şi aşa Mihai Vodă, vrînd să dobîndească Ardealul, au pierdut şi Ţara Muntenească.”

După Ieremia Movilă la tronul Moldovei s-au perindat Simion Movilă (1606-1607), Mihail Movilă (1607), Constantin Movilă (1607-1611).

Ştefan Tomşa II (1611-1615, 1621-1623), fiul unui mic boier din regiunea Putnei, vine la tronul Moldovei cu sprijin tătăresc.

În urma luptei de la Drăgşani (3.08.1616), în care armata turco-valahă învinge oastea moldo-polonă, otomanii pun pe tronul Moldovei pe Radu Mihnea (1616-1619, 1623-1626). Lupta de la Drăgşani marchează sfîrşitul protectoratului polon asupra Moldovei.

În 1619 turcii numesc domn al Moldovei pe Gaspar Graţiani, un croat în slujba Porţii, care chiar de la început a trezit ura boierilor şi a ţărănimii.

Alexandru Iliaş (1620-1621, 1631-1633) a obţinut scaunul Moldovei de la turci, promiţîndu-le a plăti haraci 40.000 de galbeni.

Miron Barnovskii (Movilă) a fost ales domnitor de către boieri la începutul lui 1626 şi a domnit trei ani, apoi încă unul (1633). A stabilit normele de exploatare a romilor-holopi (robi) mănăstireşti, boiereşti şi domneşti. Domnia lui Miron Barnovskii a fost întreruptă de un domn trecător - Alexandru zis Coconul (iulie 1629-aprilie 1630), apoi, din 1633, a domnit Moise Movilă (1630-1631, 1633-1634).

Unul din fruntaşii Răscoalei boiereşti din 1633 (contra lui Alexandru Iliaş), Vasile Lupu (pe atunci mare vornic) cu ajutorul turcilor ocupă tronul Moldovei la 20.03.1634 şi se va menţine 19 ani, pînă în 1653. A instaurat o atmosferă de conlucrare cu boierii autohtoni şi cei greci, care îşi întăriseră poziţiile în economia şi administrarea ţării. A stabilit Anii de prescripţie (termen de urmărire a vecinilor fugari) - 5 ani. Pe vremea lui Vasile Lupu, cărturarul moldovean Eustratie traduce în limba moldovenească Pravilele lui Vasile Lupu - primul cod de legi tipărit în Moldova. Domnitorul a ctitorit biserica mănăstirii Trisfetitele din laşi, „monument de o frumuseţe unică”, aici se va deschide la 1640 Academia Vasiliană, o tipografie. De la Vasile Lupu ni s-a păstrat unicul monument din Moldova dintre Prut şi Nistru, ctitorit de un domn - biserica Sf. Dumitru din Orhei. Anume în aceşti ani Gr. Ureche devine vornic al Ţării de Jos, îşi scrie nemuritorul său Letopiseţ al Ţării Modlovei, îşi desfăşoară activitatea mitropolitul Varlaam.

A susţinut legături diplomatice cu Rusia prin rezidentul rus la Iaşi A. Ordin-Naşciokin. A avut pofte cuceritoare: a rîvnit şi chiar a ocupat scurt timp teritoriul Valahiei. Aceste veleităţi au declanşat un îndelungat conflict între Matei Basarab, domnul Valahiei, şi Vasile Lupu. În luptele de la Popricani, Finta, Sirca, Vasile Lupu este învins, tronul Moldovei ocupîndu-l logofătul Gheorghe Ştefan (1653-1658).

Contînd pe sprijinul Rusiei, noul domnitor a consolidat relaţiile cu ea: a semnat un tratat cu ţarul rus Alexei Mihailovici. În anii domniei lui Gheorghe Ştefan îşi începe prodigioasa activitate Nicolai Milescu Spătaru, are loc Răscoala seimenilor (mercenarilor). Din martie 1658 pînă în noiembrie 1659 în Moldova domneşte Gheorghe Ghica de „neam albanez”, apoi, din 1659 pînă la 1661, la tronul Moldovei s-a aflat Ştefăniţă Lupu.

După Vasile Lupu Moldova devenise o „ţară de jac” a tuturor vecinilor şi a diferiţilor aventurieri. S-a „scos la evidenţă gradul de mare corupţie al turcilor; pentru nişte pungi cu galbeni ei nu se mai uitau pe cine îl pun pe tronul Moldovei”.

Eustratie Dabija a domnit vreo patru ani (1661-1665), dar a dovedit să introducă trei dajdii noi, inclusiv pogonăritul pe vii.

Gheorghe Duca, grec din Rumelia, obţine prima sa domnie (1665-1666) cu sprijinul unor greci cuibăriţi în Moldova, dar turcii repede îl mazilesc.

Apoi iarăşi a domnit Alexandru Iliaş (1666-1668). Intrînd în mari datorii, pentru a obţine a doua domnie, a împresurat ţara cu multe şi grele biruri, oploşind pe lîngă el o mulţime de dregători greci.

Dumitraşco Cantacuzino s-a aflat pe tronul Moldovei vreo doi ani (1674-1675, 1684-1685) dar aceasta a fost una din cele mai sălbatice şi neruşinate domnii în istoria Moldovei. Acest venetic l-a ajuns capul să cheme el însuşi tătarii să ierneze în Moldova (1674). Enumerînd batjocurile, bestialităţile şi neruşinările lui Dumitraşco Cantacuzino în a doua sa domnie (1684-1685), Ion Neculce striga la cer: „Oh! oh! oh! Săraca ţară a Moldovei ce nărocire de stăpîni ca aceştia ai avut! Ce sorţi de viaţă ţi-au căzut! Cum au mai rămas om trăitor în tine, de mare mirare este, cu atîtea spurcăciuni de obiceiuri ce se trag pînă astăzi în tine, Moldovă!”.

După mazilirea lui Dumitraşco Cantacuzino la 1685 (din a treia sa domnie), vine la tronul Moldovei, sprijinit de turci Constantin Cantemir (1685-1693). A pus cîteva biruri noi. A încercat să stîrpească hoţiile şi banditismul. A stabilit relaţii cu Imperiul Habsburgic. După moartea lui C. Cantemir, boierii moldoveni l-au ales domn pe Dumitraşco, feciorul mai mic al răposatului domnitor. Dar s-a amestecat în treburile Moldovei C.Brîncoveanu, domnul Valahiei. Cu toate că Dimitrie Cantemir fusese, conform legii, ales domnitor şt chiar domnise cîteva săptămîni, domnul Valahiei C.Brîncoveanu, logodindu-şi fiica cu C. Duca, fiul unui grec, cumpără înscăunarea la domnia Moldovei a acestuia. Iar Poarta, în prezenţa a doi moştenitori legitimi ai tronului - Antioh şi Dimitrie Cantemir, în urma uneltirilor antimoldoveneşti ale lui C. Brîncoveanu, domnul Valahiei, îl căftăneşte pe un venetic.

Astfel C. Duca, zis şi Duculeţ, grec de origine, prin „protecţie de fustă”, pe banii socrului - Constantin Brîncoveanu, domnul Valahiei, ocupă scaunul Moldovei de două ori (1693-1695, 1700-1703).

Între prima şi a doua înscăunare ale lui C.Duca în Moldova a domnit Antioh Cantemir (1695-1700), „cinstit şi la minte aşezat judecător drept”. Dar, “sub presiunile lui Brîncoveanu (...)-stăruinţe însoţite de multe pungi cu galbeni, la 4.09.1700 Antioh Cantemir este măzîlit”.